Myšlenka na zřízení moderních ústředních jatek pro Prahu se objevila kolem roku 1875, ale až po čtrnácti letech byl vydán zákon, který ji umožnil realizovat. Areál byl navržen s důrazem na čistotu a efektivní organizaci, a to na pozemku 450 × 250 metrů mimo městskou zástavbu, poblíž řeky a železnice. Výstavba začala v březnu 1893 podle projektu Jateční kanceláře pod vedením městského inženýra Josefa Srdínka.

Slavnostní zahájení provozu se uskutečnilo dne 1. července 1895. Soukromé porážky byly na území města zrušeny a maso dovážené z venkova muselo na nových jatkách projít veterinární kontrolou. Období největšího rozkvětu ústředních jatek v Praze-Holešovicích spadá do třicátých let 20. století, kdy se uvažovalo o jejich rozšíření a přesunu do Malešic. K tomu však z důvodu vypuknutí druhé světové války nedošlo.

Svému účelu holešovický areál sloužil až do roku 1983, kdy byly uvedeny do provozu nové masokombináty v Písnici a Čakovicích. Po ukončení provozu jatek byla v původních objektech zřízena tržnice. Po roce 1989 a uvolnění trhu se začala rozvíjet ještě intenzivněji. V devadesátých letech se zde objevili první větší soukromí obchodníci a areál se stal jedním z hlavních tržních center Prahy, kde bylo možné zakoupit široké spektrum zboží – od oblečení, živých zvířat a elektroniky po potraviny ze zahraničí.

Většina hal Pražské tržnice se dodnes zachovala ve své celistvosti a s mnoha pozoruhodnými technickými detaily. Proto byl celý areál, jeden z nejzachovalejších svého druhu v Evropě, prohlášen roku 1993 za kulturní památku, což ho mimo jiné ochránilo před demolicí a umožnilo zachování jeho historického industriálního charakteru.

V roce 1995 byl areál na padesát let pronajat soukromé akciové společnosti Delta Climatizer (později Delta Center). Z proslulého místa s pestrou nabídkou se postupem času stal problematický prostor se strukturou nelegálních stánků a narůstající kriminalitou v okolí. V roce 2000 byla dršťkárna a střevárna podle architekta Jaromíra Pizingera přestavěna na muzikálové divadlo a etážová chladírna byla adaptována na kanceláře.

Do roku 2012 tržnici provozovala společnost Delta Center. Město jí však nájemní smlouvu kvůli dvousetmilionovému dluhu na nájemném v roce 2012 vypovědělo. Firma ovšem dluh popírala a nerespektovala výpověď, a tak začal několikaletý soudní proces o budoucnosti celého místa.

Město Praha získalo kontrolu nad celým areálem po vyhraném soudním sporu s předchozím nájemcem v roce 2019. Prvním krokem bylo odstranění nelegálních stánků a struktur, které byly postaveny bez povolení. Některé části tržnice, zejména provizorní přístavby a nevyhovující objekty, čekala demolice. Město také začalo hledat nové nájemce, kteří by do tržnice přivedli modernější koncepty obchodu a gastronomie.

V roce 2022 převzala Holešovickou tržnici do správy městská společnost Výstaviště Praha, a. s., a začala její postupná proměna. Areál získal novou vizuální identitu a začaly první rekonstrukce hal. Významným milníkem se stalo vítězství studia Perspektiv v mezinárodní architektonické soutěži na úpravu meziprostor – návrh řeší podobu všech veřejných prostranství, vstupů, zeleně i hospodaření s dešťovou vodou. První fáze projektu má být dokončena v roce 2027.

V roce 2023 byla schválena strategická koncepce rozvoje Holešovické tržnice do roku 2038, která určuje směřování celého areálu a stanovuje jeho budoucí využití. Tržnice se má stát živým multifunkčním prostorem s převahou komerčních aktivit doplněných o kulturu, kreativitu a veřejně prospěšné funkce. Součástí koncepce je také harmonogram a ekonomický rámec s předpokládanými investicemi až 5 miliard korun. Potenciál ročních příjmů z nájemného se po revitalizaci odhaduje na více než 200 milionů korun. V roce 2023 se zároveň pokračovalo v rekonstrukcích hal i projektování dalších částí areálu.

Tržnice velkolepě slaví 130 let od svého otevření. Nově zrekonstruovaná budova Burzy se otevře návštěvníkům v podobě restaurace a dále areál oživí tři nové gastronomické podniky – cukrárna, slovenská restaurace a řeznictví. Korza pravidelně plní gastronomické akce, festivaly i koncerty. Populární Halu 22 navštíví měsíčně desítky tisíc lidí, kteří si ke svým oblíbeným prodejcům chodí pro čerstvou úrodu a produkci.